سيطرت على المفاعيل السياسية لزيارة الرئيس الإيراني نجاد إلى مصر أجواء من الطائفية، سواء ما جاء في مطالبات مشيخة الأزهر حول حقوق أهل السنة في إيران وحول عرب الأهواز وحول عدم التدخل في شؤون الخليج العربي، أو ما كان من كثير من المعلقين على الزيارة في وسائل الإعلام، وخصوصا من إعلاميي مصر، وطغت على النظرة لإيران ولرئيسها الناحية الطائفية.